新生RNA捕获与测序

新生RNA(nascent RNA)是细胞内正在合成的RNA分子,直接反映基因组的实时转录活性,是转录调控、药物响应、应激反应与环境应答研究的前沿窗口。我们提供 GRO-seq、PRO-seq、SLAM-seq、EU-seq、NET-seq 等广泛的新生RNA检测技术服务,覆盖从样本前处理、文库构建到测序分析的一站式交付。

一、五大技术平台,覆盖多种研究场景

技术

原理概要

技术特点

适合的研究方向

GRO-seq

细胞核 run-on 体外掺入标记核苷酸,捕获正在延伸的转录复合物

高通量、链特异性

全局转录活性图谱、增强子与 eRNA 研究

PRO-seq

生物素标记核苷酸精准 run-on

单碱基分辨率

聚合酶精确停靠位置、启动子近端暂停与释放

NET-seq

天然延伸转录复合物的捕获与测序

内源状态、3′ 端单碱基

聚合酶占据与转录延伸动力学

EU-seq

5-乙炔尿苷(EU)代谢标记 + 点击化学富集

样本适配广、下游灵活

细胞、动物、植物的新生转录检测,可衔接 qPCR、测序与成像

SLAM-seq

4sU/6sU 代谢标记 + 化学诱导 T>C 转换

无需物理富集

转录动力学、RNA 合成与降解速率解析

不确定选哪种技术?欢迎联系我们,技术团队将根据您的物种、样本类型与研究目标推荐最合适的方案。

二、样本特异性:新生RNA检测成败的关键

对新生RNA检测而言,样本特异性是决定实验成败的重要环节。不同物种、不同组织的细胞核提取效率、聚合酶活性保持与标记掺入效率差异巨大——对于没有测试过的物种或样本类型,需要重新摸索样本前处理条件,绝非"一套流程走天下"。

基于技术团队十余年的经验积累,我们已在下述样本中积累了丰富的实战经验,可以为客户提供专业、可靠的技术服务。

1、GRO-seq 已验证样本

植物(14 种):拟南芥、小麦、水稻、烟草、西瓜、芒果、猕猴桃、梨、海带、杨树、油松、百岁兰、卷叶贝母、羌活

动物(9 种):人、大鼠、小鼠、半滑舌鳎、海参、鲈鱼、牡蛎、日本鳗鲡、虾

2、PRO-seq 已验证样本

人、大鼠、小鼠、牛、猪、猴子、虾夷扇贝、长江鲟

3、NET-seq 已验证样本

拟南芥、小麦、大豆

4、EU-seq 已验证样本

1. 细胞样本(80 余种,按研究领域分类)

  •  肺癌细胞:95D、H1573、H209、H226、H292、H460
  •  肝癌细胞:HepG2、Huh7、SMMC-7721B、Hep3B、PLC/PRF/5、SK-HEP-1、BEL-7402、Mahlavu、Focus
  •  乳腺癌细胞:MDA-MB-231、MDA-MB-468、HCC1937、SUM149、MCF-7、T47D、CAMA-1、ZR-75-1、HCC1954、SK-BR-3、Hs578T、BT-594
  •  卵巢癌细胞:A2780、SKOV3、ES2、HEY、CAOV3、OVCAR8、Anglne、UWB1.289
  •  宫颈癌细胞:HeLa、SiHa、CaSki、C-33A、ME-180、HT-3、MS751、DoTc2 451、SW756
  •  胃癌细胞:AGS、MKN-45、MKN-28、NCI-N87、SNU-1、HGC-27、NUGC-3、OCUM-1
  •  结直肠癌细胞:HCT-116、HT-29、SW480、SW620、Caco-2、LoVo、DLD-1、COLO 205、RKO、LS 174T、LS 180、T84
  •  肾癌细胞:786-O、Caki-1、Caki-2、ACHN、769-P、A498、OS-RC-2
  •  神经母细胞瘤细胞:SH-SY5Y、SK-N-SH、IMR-32、LAN-1
  •  成骨细胞:SJSA-1、TE-85
  •  神经细胞:U87、NSC-13、U251、PC12 等

2. 动物样本:小鼠、大鼠、黄鼠、兔子等常见动物模型均已完成实验验证。

3. 植物样本:水培与土培的拟南芥、水稻、番茄、人参,以及多种花卉和粮食作物等。

5、SLAM-seq

参照文献资料。

以上清单持续更新中。若您的研究样本未在列,欢迎联系我们评估。

三、未测试样本怎么办:多层次质控 + 充分的风险评估

对于目前还未测试过的样本,我们将在多层次质控体系基础上,与客户进行充分且有效的风险评估——从样本可及性、前处理条件、标记效率到预期数据质量逐项研判,共同确定可行的技术路线,确保实验高效、稳步开展。

四、我们的服务承诺

我们无法保证每一次服务都达到您心中预期的实验结果——这是科学实验的真实属性;但我们可以保证:以科学专业 + 经验加持的态度认真对待每一份样本,真实反映每一份样本的新生RNA转录状态,不夸大、不遮掩,用数据说话。

五、服务流程

样品评估与信息确认 → 技术方案设计 → 样本前处理(条件确认或针对性摸索)→ 标记/捕获与文库构建 → 测序与生物信息分析 → 项目交付与结果解读(具体流程与节点可根据项目需求定制,欢迎联系技术团队沟通。)

六、常见问题(FAQ)

Q1:我的物种不在已验证清单里,能做吗?可以。我们将先进行风险评估与前处理条件摸索,在多层次质控确认可行后启动正式实验,全程与您保持沟通。

Q2:送样需要多少量?如何准备?不同技术、不同样本类型对起始量与保存方式要求不同,请联系技术团队获取对应技术的《送样指南》。

Q3:可以只做 qPCR 级别的验证吗?可以。EU-seq 等技术可灵活衔接 RT-qPCR 验证与高通量测序,按研究阶段选择,避免不必要的成本。

Q4:数据分析包含哪些内容?提供标准分析(质控、比对、定量、差异分析)与进阶定制分析(转录活性图谱、聚合酶占据、启动子/增强子活性等),交付可发表的图表与报告。


七、【快速联系方式】

把想法变成数据,让每一次转录都被看见。 若您想了解更多细节,欢迎联系15801217100(微信同号)。

联系我们

联系人: 朱小姐
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联系邮箱 :  tongbiotech@126.com
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地址:天津市和平区劝业场街道山西路208号101
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