最近在与AI反复沟通EU标记新生RNA后进行检测的问题时,在不同的提问环境下,AI总会提到一条:点击化学中的Cu(I) 会降解 RNA。
基于AI的高智商,我觉得应该认真核实下这个细节,因为,若点击化学过程真的会对RNA造成严重降解,那么,也将会限制EU作为核苷类似物在新生RNA研究中的应用。
当我们向AI提出"点击化学对 RNA 的影响"时,它大多会给你一段很严谨的提醒:铜催化、容易产生活性氧、RNA 是怕氧化的分子、反应液要严格控制配置和加样顺序……
这段话说得对不对?
对。但它说的是传统的点击化学。
传统的铜催化点击反应(CuAAC),还原态的铜很活泼,容易催化产生活性氧,而 RNA 恰恰是经不起氧化的分子。
所以传统方案有很多"讲究":配体、铜盐、还原剂要按顺序加,试剂要现配现用,反应时间和温度都要卡着来。顺序错一点、反应猛一点,RNA 就可能断。

基于传统CuAAc方案的问题,我们经过系统性的研发与优化,从原先反应激烈的点击反应,改成了温和的点击反应:
我们做过对比:同样一份 RNA,走完点击反应之后跑胶。常见传统方案下,条带是弥散的;用 EU-Click,得到的是完整、不弥散的条带。

同样一份 RNA,点击化学后的电泳图结果
弥散意味着RNA降解,在RNA严重降解后,会造成:
Q1:点击化学一定会损伤 RNA 吗?
不一定,取决于反应体系。传统铜催化方案确实存在这个风险;优化后的温和体系,可以有效解决。判断标准很直接:点击后跑胶,看条带是否弥散。
Q2:SLAM-seq 也用点击化学吗?
不是。SLAM-seq 走的是 4sU 标记 + 烷基化(IAA)的路线,不经过点击反应。会用到点击化学的,是以 EU 标记 + 叠氮捕获为代表的新生 RNA 捕获方法。
Q3:怎么判断点击反应对RNA的损伤?
跑胶或片段分析:完整 RNA 是清晰条带,受损 RNA 是弥散(smear)。弥散说明 RNA 已经断裂——定量、建库、测序都会受影响。
方法在进步,认知也得跟着更新。
RNA容易降解,所以在涉及RNA样本的所有操作中,比如保存、提取及后续检测,都要从各个方面对RNA进行保护。EU-Click新生RNA捕获试剂盒,也正是基于RNA容易降解且传统点击化学步骤对 RNA损伤交大的“硬伤”之下,经过系统性优化,开发了温和点击化学体系。我们不但希望可以帮助大家方便的捕获到新生RNA,更希望可以帮助大家高效的捕获新生RNA。
若您在实验过程中遇到任何问题,欢迎留言沟通。
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你在做 EU 标记或新生 RNA 捕获时,有没有踩过"弥散"的坑?留言区聊聊。也欢迎联系我们要实际的对比胶图。